张宣率军抵达台南港之前，孙胜夫便率军撤退到了内陆十里处。这个距离既远超战船火炮的射程，又不致于过份接近丛林。霹雳军虽然在台南带开辟了大量的农田，但相对广阔的丛林来说仍然是小部分。蛮荒的密林不管对流求军民和海匪来说，充满了太多不可知的危险——疫病、猛兽、山洪，还有神出鬼没的食人生番。

孙胜夫命令手下修筑营垒，又砍伐树木立起了栅栏，开挖了壕沟。眼下已是五月初，流求的雨水变得极为充沛。挖壕沟主要目的是防洪排水，防止疫病的流行。雨水之下土墙极易被淋垮，这也是立栅栏而不是筑土墙的原因。围攻台南堡的海匪几经折损又几经补充，现在仍有四千人五十余门铜炮，粮食也能支撑一段时间。孙胜夫期望蒲寿庚能重新夺回澎湖，重新获得制海权。即便不能夺占流求，至少能将他和尤永贤两部救出来。

张宣率领了二百名士兵前往台南堡，这些士兵属于第二分舰队陆战营。该陆战营共有五百人，有三百人正驻守澎湖。之前泉州府在澎湖设立有巡检司，驻扎有厢军一百余人。海匪将澎湖作为辎重基地之后，将巡检司的厢军全部杀了灭口。余柱已经决定要将澎湖作为流求的前哨，为此将在澎湖的各个关键地点兴建数个定居点和一个大型堡垒。

李杆子眼见张宣率军前来，自然是十分高兴，急急地冲到堡垒门口迎接。他的热情让张宣差点晕倒——实在是太臭了。台南堡面积仄窄，又入驻超过其一倍的士兵，加之用水不足，生活条件自然好不了那里去。在这围城的三个月时间里，守军都没有洗过澡。当下李杆子身上的味道，集腥醃酸的大成且十分浓烈，这让张宣全身咸腥味的糙汉子都受不了。