从此时开始，左营的基地提升到最高警戒水平，取消所有休假和外出。

9月27日凌晨五点，明秋接到了从临高海军部发来的电报：“开始行动。”明秋在基地召见第一舰队所有舰长，下令：“元老院已经决定向郑芝龙开战，本舰队将马上前往金门打击郑芝龙的舰队，并掩护陆军部队在金厦地区登陆。”说完之后，他向各中队指挥官和舰长下达了命令任务书。

第一舰队的主力是1艘立春号巡洋舰和4艘混合动力一等炮舰，另有五个中队的风帆特务艇。战舰总吨位超过8000吨，载有各种口径火炮200门。混合动力战舰上全部装备了线膛炮。尽管比例不高，但是射程和威力都是特务艇上的滑膛炮所难以企及的。

由于此次作战距离有限，因而随行船只不带运煤船。陆军、海兵队、后勤分队和补给物资由第二输运船团的35艘大型杂式运输船承担运输――h800由于吃水比较大，不适合在未经过港口建设的港口内使用。

另有四个中队的巡逻艇配合行动，担任杂役性工作。

航渡期间，舰队的每一艘战舰都在抓紧进行针对性训练，特别是中队长和各舰舰长，都在抓紧时间熟悉出发前刚刚发下的厦门湾和围头湾的水文资料以及郑家的布防情报。

当晚，舰队抵达澎湖，航渡途中海面风平浪静，途中遭遇的所有渔船全部予以扣留，押送至澎湖。