8月14日，侵华联军进攻天都城，在天坛设立炮兵阵地，炮轰正阳门箭楼和城楼。

9月27日，驻扎瓮城的英国雇佣军在正阳门城楼燃火取暖，发生火灾，将城楼全部焚毁，火势凶猛，合城皆惊，至天晓方熄。

光绪二十九年，时任直隶总督的袁世凯和顺天府尹陈璧奉旨重修正阳门城楼和箭楼。

因工部收存各城门的工程档案均在战乱中被毁，复建正阳门城楼只得按崇文门城楼、宣武门城楼的规制放大修建，复建正阳门箭楼按宣武门箭楼的规制放大修建，于光绪三十三年完成，那才是正阳门最后的重建，也是陆飞后来见到的样子。

后来京奉、京汉两铁路正阳门站建成后，正阳门周边人流、车流非常密集，那才是真正的热闹。

做买卖的，拉车的，各种商贩琳琅满目，用现在的话来说，每天的人流量至少在两万人以上，在那个年代，这可就相当牛逼了，放眼整个神州，也就仅次于摩登城市大魔都了。

1914年，为缓解交通拥堵，内务总长兼天都市政督办朱启钤主持改建工程。